Ο Αγιος Νικόλαος βρίσκεται 65 χιλιόμετρα ανατολικά από το Ηράκλειο.
Ο Αγιος Νικόλαος ή απλά Αγιος, όπως χαρακτηριστικά τον αποκαλούν οι ντόπιοι, δεσπόζει στον όμορφο κόλπο του Μεραμπέλλου, στη βορειο-ανατολική ακτή του Nομού Λασιθίου στην Ανατολική Κρήτη.
Ο Αγιος Νικόλαος έχει πληθυσμό 10.000 κατοίκους και, παρά το μικρό του μέγεθος, είναι μια από τις μεγαλύτερες πόλεις στο Νομό Λασιθίου, τον πιο ανατολικό νομό στην Κρήτη.
Ο Άγιος Νικόλαος σε αντίθεση με τα άλλα αστικά κέντρα της Κρήτης δεν ήταν πάντα σημαντικός οικισμός. Στα μινωικά χρόνια υπήρχε ένα μικρό λιμάνι λίγο πιο βόρεια από το σημερινό. Στο λόφο ανάμεσα στη λίμνή του και στη σημερινή μαρίνα υπήρχε η αρχαία πόλη Λατώ , που απ' ότι φαίνεται υπήρχε και κατά την πρώιμη Βυζαντινή περίοδο. Αργότερα χτίστηκε εδώ και ο ναός του Αγίου Νικολάου όπου έδωσε το όνομα του και στο διπλανό φυσικό λιμανάκι, σε ολόκληρο τον κόλπο καθώς και στην σημερινή πόλη. Στον λόφο της πόλης κατά την περίοδο της Ενετοκρατίας χτίστηκε το κάστρο του Μιραμπέλλου,το οποίο υπέστη σοβαρές ζημιές από το σεισμό το 1303 και κάηκε από τις επιδρομές των πειρατών το 1537. Ξαναχτίστηκε και το 1645 ο διοικητής του το παρέδωσε αρχικά στους Τούρκους αλλά οι Ενετοί το ανακατέλαβαν. Όταν χρειάστηκε να το εγκαταλείψουν ξανά προτίμησαν να το ανατινάξουν.
Η σύγχρονη ιστορία του ξεκινάει κατά τον 19ο αιώνα όπου και σταδιακά άρχισε να αναπτύσσεται ο οικισμός κυρίως από κατοίκους άλλων περιοχών (Σφακιά , Κριτζά κ.α) Η μεγάλη ανάπτυξη όμως της πόλης οφείλεται στον τουρισμό.
Σήμα κατατεθέν του Αγίου Νικολάου είναι η λίμνη Βουλισμένη, η οποία δεν επικοινωνούσε πάντα με την θάλασσα, αλλά ήταν κλειστή και ο μύθος την ήθελε να μην έχει πυθμένα. Τελικά από βυθομέτρηση που έγινε το 1853 από τον Ναύαρχο Spratt ανακαλύφθηκε ότι έχει βάθος 64μ. Το 1867-71 κατασκευάστηκε μία μικρή διώρυγα που συνδέει την λίμνη με την θάλασσα. Η λίμνη όπως και η αποβάθρα του λιμανιού αποτελούν βασικό αξιοθέατο.
Στην εκκλησία του Άγιου Νικολάου μπορείτε να δείτε τοιχογραφίες του 14ου αιώνα αλλά και παλαιότερα στρώματα με γεωμετρικά και φυτικά μοτίβα που παραπέμπουν σε εικονογραφίες της περιόδου της Εικονομαχίας.
Επίσης αξίζει να επισκεφθείτε το Αρχαιολογικό Μουσείο του Άγιου Νικολάου με εκθέματα της ανατολικής Κρήτης από όλες τις περιόδους της αρχαίας ιστορίας της.